廣東省微生物研究所自建所以來，始終針對廣東省和華南地區經濟社會發展的迫切需求，圍繞“微生物資源研究以及有益微生物的利用和有害微生物的控制”的核心科學問題，持續開展應用基礎理論研究與行業關鍵技術研發，在微生物資源多樣性與前期開發、微生物生態與環境污染控制、微生物危害及其檢測與控制、微生物分子育種及生物轉化、食藥用菌生物技術等研究領域獲得了有影響力的成果，為解決本地區與微生物專業相關的食品安全、環境保護和工、農業生物技術等行業的關鍵性共性技術問題做出了突出的貢獻，支撐了相關行業和企業的發展和技術升級。

      1978年以來，在科技成果方面，共取得科技鑒定成果176項，其中國際先進、領先水平的67項；獲得國家及省部級成果獎101項，其中國家級成果獎6項、省部級一等獎12項；在專利申請方面，共申請專利287件，其中發明專利275件，授權專利162件，其中發明專利150件。在國內外核心學術刊物發表論文1700多篇，出版科技專著35部。特別是2010年以來，研究所在國內外學術刊物發表科研論文461篇，其中SCI和EI收錄共152篇，其中我所研究員許玫英以共同第一作者身份在影響因子（IF）為17.949的國際學術期刊上《Ecology Letter》發表的學術論文，在同行引起廣泛關注；申請專利122件，其中申請發明專利117件，實用新型5件；授權專利86件，其中授權發明專利81件。

       重大科技成果：

       一、“殺蟲桿菌-殺螟桿菌”在1978年獲得全國科學技術大會獎，該成果在華南和中南1億多畝的水稻田推廣使用，取得了巨大的社會和經濟效益；

       二、“短裙竹蓀室內栽培技術”在1983年獲得國家發明三等獎，該成果的應用使短裙竹蓀這種昂貴的食用菌迅速進入了千家萬戶的餐桌；

       三、“采用高產苷技術生產肌苷”在1997年獲得國家科技進步三等獎，目前使用該成果生產的肌苷依然占據全國肌苷總產量的80%以上；

       四、2007年“含氨氮和多環芳烴類毒害性廢水的微生物處理新技術”獲國家環?？偩挚萍歼M步一等獎，這是迄今為止唯一一家省屬科研單位獲得的國家環保一等獎，該成果攻克了重油制氣和垃圾滲濾液處理等行業性的難關，為廣州創建文明城市、環保城市、衛生城市發揮了巨大作用；

       五、“食用菌優質高效大規模生產關鍵技術研究”獲2007年度國家科技進步二等獎，該成果是食用菌行業近20年來首次獲得國家級獎勵，為食用菌產業從傳統作坊式生產向現代農業的工廠化、產業化生產升級換代提供了系列技術；

       六、2010年“食品微生物安全快速檢測與高效控制技術”獲國家科技進步二等獎，該成果在微生物快速檢測與高效控制方面取得了新的突破，為食品微生物安全提供了有力的技術保障；

       七、2013年“瓶裝飲用水溴酸鹽控制方法”獲廣東省專利金獎及第十五屆中國專利優秀獎，該成果為解決我國包裝飲用水安全提供了強有力的技術支撐；

       在研究所傳統優勢學科—大型真菌分類方面，實驗室先后獲得了4項省部級一等獎，6項省部級二等獎，特別是2008年的“中國華南及鄰區森林大型真菌多樣性研究及其應用”獲得廣東省科學技術一等獎，該成果依據生物學的系統分類學、生態學和資源學原理和方法，闡明了華南及鄰區森林大型真菌種類、形態特征、種類組成及分布特點；采集標本近6萬號，描述華南及鄰區森林大型真菌2綱26目63科290屬2360余種；發現新物種165個、新組合106種、新記錄種736個；收集菌株2000株，馴化食用菌16種；創建了系統可行的經濟真菌資源調查研究與開發利用平臺；為真菌資源儲備和研究提供了豐富的數據和創新材料；是我國近十年來生物資源本底調查的一項重大成果。